近5年，学院承担各类科研项目191项，经费总额11937万元，其中国家级38项，省部级30项，横向74项，其他课题49项；发表论文555篇，其中高水平论文224篇；获发明专利4项，获实用新型专利11项；获自治区科技进步一、二、三等奖各1项，其他省部级科研奖励3项。

学院已建成生态实验中心（由植物形态结构实验室、基础生态实验室、植物生理生态实验室、污染生态实验室、分子生态实验室组成）、环境科学与工程实验中心（由环境监测实验室、环境微生物实验室、环境工程实验室组成）两个基础实验中心。学院现建有省部级科研平台（团队）5个，其中，绿洲生态教育部重点实验室1个，新疆精河温带荒漠生态系统教育部野外科学观测研究站1个，自治区级“新疆矿产资源绿色开发与生态修复协同创新中心”（共建）1个，自治区“干旱半干旱区可持续发展国际研究中心”1个，海外智力为国服务新疆工作基地1个。具备承担国家重大项目所需的研究设施和工作条件。学院在干旱区植物-土壤耦合机制，生物多样性，荒漠-绿洲生态系统结构、功能、过程与适应等领域取得重要研究成果；在矿区修复、退化生态系统修复、国土空间整治、碳汇提升、固体废物处理技术等领域形成优势。